Największe polskie jeziora przymorskie Łebsko (7141ha) i Gardno (2468ha) wraz z mniejszymi, śródleśnymi jeziorami Dołgie Wielkie (156ha) i Dołgie Małe (6,3ha) stanowią 31% obszaru SPN. Wspólną cechą tych zbiorników są płaskie, bagniste brzegi oraz niewielka głębokość. Maksymalna głębokość, zaledwie 6,3m, notowana jest w jednej z głębokich rynien, biegnących równoleżnikowo w środkowej części jeziora Łebsko.
Jezioro Gardno zasilane jest wodami rzeki Łupawy, wnoszącej 7,6m3 wody/s, natomiast jezioro Łebsko rzeki Łeby, wprowadzającej 11m3 wody/s. Ujściowe odcinki tych rzek tworzą naturalne połączenie ze słonymi wodami Bałtyku. Okresowy napływ wód morskich, wpychanych w koryta Łeby i Łupawy, najczęściej w okresach jesienno-zimowych sztormów, prowadzi do zmiany warunków siedliskowych. Zasolenie wód w największych jeziorach SPN może wówczas wzrastać do 3 promili, stąd obecność w nich gatunków charakterystycznych dla wód słonawych. Jeziora Dołgie Małe i Dołgie Wielkie nie mają dopływów.
Roślinność jezior jest charakterystyczna dla zbiorników eutroficznych. Trzcinowiska i oczerety okalają brzegi szerokim pasem i wkraczają na lustro wody, zasiedlając sukcesywnie płytki litoral. Proces eutrofizacji prawdopodobnie doprowadzi ostatecznie do zarośnięcia jezior. W przypadku jezior Gardno i Łebsko za nasilenie tego zjawiska odpowiada stały dopływ przede wszystkim związków azotu i fosforu, pochodzących m.in. ze ścieków oraz nawozów ze zlewni.
Szczególne niebezpieczeństwo dla przyrody ekosystemów wodnych Parku stanowią gatunki obce i inwazyjne. Zjawisko rozprzestrzeniania się tych gatunków w ostatnim okresie bardzo się nasiliło. Gatunki inwazyjne w krótkim czasie są w stanie zdominować nowe siedlisko doprowadzając je do przeobrażenia i destabilizacji. Wraz z gatunkami obcymi zawleczone zostają nowe pasożyty i choroby, które potęgują negatywne przeobrażenia. W efekcie, pojawieniu się obcych gatunków może towarzyszyć zjawisko wycofania się rodzimych populacji zwierząt i roślin. W przypadku ekosystemów wodnych SPN do grupy gatunków stanowiących największe zagrożenie należy zaliczyć norkę amerykańską wyrządzającą ogromne szkody w populacjach ptaków wodnych i błotnych, a także ryby: karasia srebrzystego oraz babkę byczą.
W sierpniu 2018 roku po raz pierwszy stwierdzono w Parku w jeziorze Łebsko obecność obcego gatunku małża – Rangia cuneata. Jest to mięczak pochodzący z Zatoki Meksykańskiej, po raz pierwszy odnotowany w Europie przed 2005 rokiem (Belgia). W Polsce znaleziony w 2011 roku w Zatoce Elbląskiej będącej częścią Zalewu Wiślanego. Małż ten preferuje muliste lub piaszczysto-muliste dno wód słonawych. W środowisku naturalnym osiąga 90 mm długości, natomiast w kolonizowanych obszarach jego wielkość dochodzi do ok. 40 mm. Muszla jest trójkątnie jajowata, jasnobrązowa lub brązowa, wnętrze białe, z dobrze zaznaczonymi odciskami przyczepów mięśni. W SPN co prawda nie znaleziono żywych okazów, ale obecność kilkunastu muszli przy wschodnim brzegu jeziora Łebsko wydaje się świadczyć o ich występowaniu.
Eutrofizacja oraz inwazje mogą powodować znaczące zmiany w ekosystemach jezior przybrzeżnych. Zjawiska te prowadzą do niekorzystnych zmian w środowisku życia wielu zagrożonych i ustępujących gatunków zwierząt i roślin – począwszy od tych, jeszcze nie tak dawno pospolitych, skończywszy na tych od wielu lat zagrożonych.